Ну представь себе, у тебя 1000 (или больше) файлов, и тебе нужно выбрать определенные узлы (по какому-то ключу). Ты что, все файлы открывать будешь ?
Если б я хотел связать xml и БД, то сделал бы проще. Кидал бы весь xml-документ в поле BLOB, а ключи выносил бы в отдельные поля.