индуский метод - открываем файл на чтение, читаем все строки кроме первой, пишем во временный файл, возвращаем имя временного файла. так как будет проблемы с областью видимости, то придется после вызова ф-ии создания временного файла делать инклюд временного файла в глобальной области, а потом удалять временный.
еще при создании временного надо считать в первой строке баланс <? <?php и ?>, которые не входят в коментарии и дописывать результат вместо первой строки...