Если пишешь не только для себя, документирование в обязательном порядке. Как минимум, в случае подключения новых людей к проекту будет меньше вопросов.
Дело было не в разных файликах, а в том, что я не реализовал методы интерфейса в классе, поэтому хваталось из интерфейса.
Вставил пустые методы и перестало из PHPDOC хвататься.