Можно, но задолбаешься... Да и в чужие скрипты не очень то охота сувать...Поместить в каждый скрипт кусок кода, который замеряет время его работы и запишет в лог.

В том то и дело что получается полная фигня php скрипт он же запускается как модуль апача. Вот и попробуй найди среди многих сотен процессов то что тебе нужно... Да там и чер-ти что получается....Еще может помочь extended-status апача