Защитить скрипты и другие файлы от скачивания не просто, а очень просто.
Нужно просто разместить их в каталоге уровнем выше основного.
Объясняю для тех, кого охарактеризовал Фанат:
Провайдер дает хостинг в каталоге /home/yoursite.ru/
Ваш сайт вы кладете обычно в /home/your_site.ru/public_html/
Так вот, кладем скрипты в папочку /home/your_site/super_scripts/ и юзаем их до опупения.