А разве указание root ждля каждого домена не решит эту проблему?проблема в том, что nginx не увидит файлы, которые не в его группе,
если всех юзеров добавить в его группу - они будут видеть файлы друг друга,
а если не добавить - они будут создавать файлы, которые не видит nginx
решить эту проблему можно, например, через мапинг ID юзеров, который есть у докера
можно просто забить, задать домашним каталогам другую группу, и сказать юзеры чтобы всем файлам разрешали общий доступ на чтение