А насколько вообще актуальна тема?
Я понимаю вопрос о том, как писать скрипты, которые можно/нельзя сломать снаружи, передав скрипту некорректные данные. Но сейчас-то речь, я так понимаю, о возможности спереть скрипт одного пользователя другим? А это уже проблема хостера, а не программиста - как защитить одного пользователя от другого. На "экспрессе" (светлая ему память) испокон веков апач был подпилен на предмет работы из-под соответствующего юзера, так что там на юзерские каталоги стояло 700 - и ни у кого проблем не было. И это нормально.
Такой патч даже у не самого крутого программера займет ну пару дней - и то если делать по уму. Ну а если хостер не хочет или не может обеспечить защиту - то я к такому хостеру на километр не подойду, не то, чтобы держать что-то серьезное у него.
А в свете таких вещей, как VPS (см., например,
www.rusonyx.ru) - проблема вообще отпадает - покупаешь себе за $17/мес. виртуальный сервер и не знаешь горя. Я думаю, что каждый, кто ценит свои скрипты, может себе это позволить, ибо $17 - не деньги.
Так что, IMHO - все это приятная гимнастика для любителей потрахаться с дебуггерами, но не более того.