Приватность/защищенность/публичность - это свойство КЛАССА, а не объекта. Это то, как работает class based OOP.С точки зрения записи кода - вы обращаетесь к свойству объекта $instance.
Очевидный пример, когда это важно - clone().
Если это не нравится, никто не заставляет так писать, но не надо запрещать другим.
Мне вот глобальные переменные не нравятся, но я не считаю, что IDE должна подчеркивать их красным.