Совершенно верно.если я правильно понял байт-код точно также выполняет программные операции(запросы в бд, формирование динамичного содержимого) как и в случае с интерпретацией php кода, только в этом случае все происходит быстрее за счет пропуска этапа формирования байт-кода.
Собственно, он это делает всегда, независимо от кэширования.
Вопрос как раз в том, парсится ли пхп файл при каждом запросе или результат парсинга кэшируется.
Вот только говорили мы о кэшировании шаблонов, и только о нем.
кэширование данных или готового HTML-а применяется, разумеется, тоже.
но там другие механизмы испрользуются - мемкешед, например.