>А где хранить пароль к базе
.htaccess там до фени, как и размещение скрипта с паролем в другой директории - чистой воды лажа.
Если у файла расширение *.php через веб его никто не прочитает. Читают его через:
а) фтп
б) шелл
в) fopen
г) `cat из других скриптов
т.е. там где роль играют только chmod/chown.
Где можно надежно хранить пароль к базе данных - привел выше anight. Или немного модифицированный вариант
chown root httpd.conf
chmod 600 httpd.conf
<VirtualHost *>
ServerName shared1.ru
php_value mysql.default_host localhost
php_value mysql.default_user shared1
php_value mysql.default_password **********
</VirtualHost>
а в своих сриптах будете просто юзать
mysql_connect() без параметров